Urodził się 16 października 1833 roku w Rzeszotarach, w rodzinie chłopskiej.
Kształcił się w Szkole Ludowej w Wieliczce, później w Gimnazjum Św. Anny w Krakowie.
Kolejnym etapem Jego życia były studia na Wydziale Filozoficznym Wszechnicy Jagiellońskiej. Po czterech latach studiów złożył podanie o otwarcie przewodu doktorskiego.
Tytuł doktora otrzymał dnia 26 stycznia 1861 roku za pracę "O nachyleniu igły magnetycznej".
W 1862 roku Jan Kowalczyk podjął pracę jako adiunkt Obserwatorium Krakowskiego, gdzie pracował do roku 1865. W 1862 roku, uzyskał habilitację i został mianowany docentem mechaniki stosowanej na Wydziale Filozoficznym. Był pierwszym docentem pochodzenia chłopskiego.
W 1865 roku Jan Kowalczyk przeniósł się do Warszawy, gdzie objął stanowisko naukowe w Szkole Głównej oraz posadę starszego adiunkta Obserwatorium Warszawskiego. W nadziei uzyskania nominacji profesorskiej habilitował się po raz drugi w 1867 roku, na podstawie rozprawy "Sposób oznaczania bezwzględnych przeszkód ruchu małych planet". Jan Kowalczyk został docentem astronomii Szkoły Głównej, ale nigdy nie uzyskał tytułu profesora. Wykładał astronomię stosowaną i geodezję na Wydziale Matematyczno - Fizycznym. Od 1902 roku był członkiem Akademii Umiejętności w Krakowie. W Warszawie założył Towarzystwo Naukowe.
J. Kowalczyk jest autorem wielu artykułów, rozpraw i książek z dziedziny astronomii, botaniki i meteorologii, które ogłaszał w językach: polskim, francuskim, rosyjskim i niemieckim.
Do najważniejszych pozycji w dorobku Jana Kowalczyka należą:
Zmarł 8 grudnia 1911 roku. Został pochowany na Powązkach.
20 grudnia 1964 roku został patronem naszej szkoły. Uroczystość nadania imienia szkole związana była z obchodami 600 - lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego.
ROZWIJAMY SKRZYDŁA - POKONUJEMY TRUDNOSCI - SIĘGAMY DO GWIAZD
32-040 Rzeszotary
ul. Pod Dębiną 45